Para comprender mejor el principio de justicia universal es preciso analizar antes la justicia penal internacional y el resto de títulos jurisdiccionales que ostentan los Estados para enjuiciar crímenes y delitos internacionales. La justicia universal suele ser excepcional y subsidiaria, de ahí que sea, normalmente, la última ratio por parte de los Estados para perseguir los delitos referidos. Sin embargo, la regulación llevada a cabo por los Convenios de Ginebra de 12 de agosto de 1949 sobre las infracciones graves del derecho internacional humanitario, supuso una innovación radical al respecto, al contemplar una justicia universal, obligatoria, primaria, concurrente y absoluta. Pero, además, esta especial jurisdicción formaría parte del sistema de eficacia del derecho internacional humanitario, circunstancia que vincula a la comunidad internacional, por lo que los Estados deberán adecuar sus ordenamientos penales nacionales a lo estipulado en estos tratados internacionales. Un aspecto importante a tenerse en cuenta es la posibilidad de los Estados de aplicar la justicia universal para perseguir ciertos crímenes de guerra cometidos en conflictos armados no internacionales, los cuales no están sujetos al sistema de eficacia implementado en los Convenios de Ginebra de 12 de agosto de 1949. En estos supuestos, nos encontraremos ante una justicia universal distinta de la implementada para perseguir las infracciones graves del derecho internacional humanitario; aun así, la misma podría aplicarse, sobre todo, a la vista de lo dispuesto en el Estatuto de Roma de la Corte Penal Internacional.
Afirmada la existencia de una justicia universal para la persecución de determinados crímenes y delitos internacionales, no podemos caer en la tentación de considerarla absoluta en cualquier caso, pues existen serios límites a la misma que deberán ser observados por los Estados. Nos referimos, esencialmente, a la inmunidad de los altos cargos oficiales, a la institución de la prescripción, al principio non bis in idem, a la aprobación de amnistías y al principio de legalidad. Desde el mismo momento en que un Estado aplica la justicia universal, la comunidad internacional estará expectante de su manera de proceder, al tratarse de una actio popularis, lo que determinará que el proceso instruido no pueda incurrir en tacha alguna, debiéndose respetar los límites reseñados, los cuales, paradojas de la vida, en muchas ocasiones no surtirán efecto dentro de la justicia penal internacional, pero sí en el seno de un procedimiento penal domestico. Aquí radica la dificultad de aplicar este principio, no sin olvidarnos que la presencia del responsable, en el juicio oral, ante el tribunal que pretende juzgarle, constituye otro de los requisitos que deberán de observarse en la aplicación de este título jurisdiccional, lo que supondrá, lo más probable, la existencia de una solicitud de extradición.
Nuestro ordenamiento jurídico también contempla la jurisdicción universal, que, por cierto, ha sido modificada en sucesivas ocasiones, originándose una serie limitación de la misma. Esto podría poner en peligro el exacto cumplimiento de los Convenios de Ginebra de 12 de agosto de 1949 ratificados por nuestro Estado, salvo que efectuemos una interpretación de la norma nacional acorde con lo estipulado en los referidos tratados internacionales. La necesidad de llevar a cabo esta interpretación, respetuosa con el ius gentium, no tiene otra finalidad que cumplir lo acordado en dichos tratados, redundando esto en la eficiencia de la justicia y de las victimas y perjudicados de los crímenes de guerra cometidos. En suma, allá a donde no alcance la justicia penal internacional y la jurisdicción nacional del Estados del locus delicti, en la persecución de crímenes y delitos internacionales, deberá estar presente la justicia universal.