En acabar la carrera de psicologia, als anys setanta, presenta una tesi sobre els fonaments de la psicoanàlisi en què defensa una relectura del mite d'Èdip i una manera diferent d'escoltar els pacients. Refusada per la Sorbona, Balmary la publica com a llibre (Lhomme aux statues. Freud et la faute cachée du père, 1979).
Després sinteressa pels orígens de la paraula i sorienta cap als relats fundadors de les nostres civilitzacions, essencialment la Bíblia. Posa en pràctica un mètode de lectura i interpretació en grup dels textos en la seva llengua original hebreu i grec, de manera semblant al que permet fer la psicoanàlisi. Exposa aquestes recerques en tres obres: Le sacrifice interdit. Freud et la Biblie (1986), La divine origine. Dieu na pas créé lhomme (1993), i Abel ou la traversée de lEden (1999).
En el seu darrer llibre, Le moine et la psychanalyste (2005), explica la seva trobada i amistat amb el monjo Marc-François, germà del psicoanalista Jacques Lacan, mitjançant una ficció dialogada.
Lobra de Balmary gaudeix duna gran difusió a França, i ha estat traduïda a langlès, el portuguès, el neerlandès, litalià, el grec i el japonès. Ledició de Fragmenta serà la primera traducció duna obra de Balmary en làmbit hispànic.
De Le moine et la psychanalyste se n'han venut 22.000 exemplars només a França.