Fue juzgado en Nüremberg y condenado a diez años de prisión en Spandau. Salió de la cárcel en el año 1956, momento en el que comenzó a dar conferencias por todo el mundo y a redactar las memorias de su periodo como almirante del Reich.
Los recuerdos de Doenitz -uno de los diez militares más importantes de la segunda guerra mundial- se apoyan en su exhaustivo diario de guerra como principal fuente de documentación. Basándose en los hechos, explica paso a paso los distintos aspectos de la estrategia naval alemana, centrada en controlar totalmente las rutas comerciales del océano para aislar a sus enemigos, ya que la victoria en el mar precede siempre a la victoria sobre tierra firme. Alemania centró su esfuerzo naval en nuevos y eficaces submarinos que infligieron terribles pérdidas a los aliados hasta el año 1943. En dicha fecha, la suerte de las «jaurías» de U-Boot cambió. La mejora del radar y del sonar, el afianzamiento del sistema de convoyes y la aparición de nuevas armas antisubmarinas decantaron la Batalla del Atlántico a favor de las fuerzas aliadas. Más del 80 por ciento de los hombres de Doenitz perecieron en las frías aguas del océano.
El análisis que el gran almirante hace de la situación militar, centrado en la toma de decisiones, ha sido considerado «el trabajo más eminente y válido sobre la historia de la última guerra en el mar»: una fuente de información indispensable para la Segunda Guerra Mundial.