Cuando estalló la guerra civil, Franco le puso al mando de las fuerzas que asaltaron Madrid en noviembre de 1936 y, tras la contienda, le nombró ministro del Ejército. Desde este puesto llevó a cabo la supervisión de la transición militar a la paz y la preparación del ejército para los desafíos de la guerra mundial. Por sus profundos principios religiosos y morales, hizo todo lo posible para evitar un compromiso bélico de España con la Alemania nazi. Finalmente dimitió en 1942 tras ser víctima de un atentado perpetrado por unos falangistas. Sin embargo, no perdió la confianza de Franco, que le nombró alto comisario del protectorado de Marruecos en 1945. Allí demostró su amplio conocimiento del país y su talento para administrar, con el mayor respeto hacia sus costumbres y religión, las relaciones con sus habitantes.
Federico Martínez Roda ha llevado a cabo una exhaustiva investigación en el Archivo Histórico de Cádiz para sacar a la luz los hechos de un personaje único que no se dejó llevar por los acontecimientos sino que intentó configurarlos de acuerdo a sus ideas.