Myst y Deis son dos jóvenes y pobres granjeros de una pequeña aldea al suroeste del continente de Lon-An. Cuando cierto día Myst visita la ciudad vecina, se encuentra con un personaje que lo obliga a marchar con él, alegando que todo tal y como lo conoce está en peligro y a punto de cambiar. Sin más remedio, los dos jóvenes se embarcarán en una peligrosa epopeya que los obligará a abandonar su granja y aventurarse a lo desconocido. Mientras tanto, en otro lugar del continente, alguien comienza sus planes para revivir a Shon, un dios maldito, y sumirlo todo en la oscuridad?