La ocasión para desembarazarse de Ferrer Guardia y la Escuela Moderna surgió con los acontecimientos de la Semana Trágica. Falsamente, Ferrer Guardia fue acusado de ser el organizador de la revuelta. Juzgado en consejo de guerra, fue condenado a la pena máxima y fusilado el 13 de Octubre de 1909. Ante el oficial que mandaba el piquete de ejecución Ferrer Guardia gritó Viva la Escuela Moderna antes de ser asesinado. Su legado se halla recogido en estas páginas.