Se abre el libro con una hermenéutica de la historia de la filosofía novohispana en la cual el autor, siguiendo las orientaciones más modernas, comprende e interpreta la historia de las ideas en México a partir de sus verdaderos comienzos: desde la polémica entablada por Agustín Rivera y Agustín de la Rosa sobre la validez o no de la acción de España en la enseñanza de la filosofía y de la ciencia en la Nueva España.
En su conjunto la obra, estructurada cronológicamente, estudia las actividades y manifestaciones filosóficas de las órdenes religiosas en los tres siglos clásicos, estableciendo una división entre humanistas y escolásticos. Entre los humanistas, destacan fray Juan de Sumárraga, fray Bartolomé de Las Casas, Vasco de Quiroga y Francisco Hernández. En la exposición de los escolásticos, y atendiendo a las diversas órdenes, traza un resumen de las obras principales de los autores más destacados: Diego Valdés, Alonso de la Vera Cruz, Pedro de Hortigosa, Antonio Rubio y Antonio Arias, así como sor Juana Inés de la Cruz.