Shinji Ikari es un chico con una vida normal y corriente: vive con sus padres, Gendoh y Yui, en el distrito 3 de Neo-Tokio, y va al instituto con Asuka, una amiga de la infancia. Todos sus amigos dicen que hay algo entre ellos, hasta que un día una chica misteriosa llamada Rei viene a vivir a su casa. Según su madre, es una pariente lejana, y aunque nunca había oído hablar de ella, es cierto que tiene un aire familiar. Si creías que conocías Neogénesis Evangelion, prepárate para esta nueva versión de sus protagonistas.