Pocos meses después, los exiliados, dirigidos por Trasíbulo, logran llegar al Pireo y derrotan a los tiranos, muriendo en la batalla sus principales cabecillas. La democracia es restaurada y los bandos enfrentados, demócratas y oligarcas, sellan un pacto de reconciliación, que pudo afianzarse tras más de un año de tensión e incertidumbre.
Concluido el terrible episodio de la guerra civil, los líderes de la democracia restaurada, como otros muchos ciudadanos atenienses, se preguntaron si no tendrían algo que ver las enseñanzas de Sócrates con la conducta criminal de algunos de sus discípulos, como Critias o Alcibíades. Con el ánimo de arrancar del acusado un mensaje de rectificación, en la primavera del año 399 a.C., Sócrates fue llevado ante un tribunal, pero la palabra que Atenas esperaba oir de su boca nunca fue pronunciada.
Ciudadano Sócrates sitúa al lector frente a preguntas que nos atañen y cuyas respuestas siguen envueltas todavía hoy en un halo de incertidumbre. ¿Fueron las enseñanzas de Sócrates del todo ajenas a los crímenes y traiciones de sus discípulos? Si es cierto que Sócrates pasó toda su vida dedicado a cultivar la virtud, ¿cómo es que fracasó en su propósito de hacer virtuosos a sus seguidores más cercanos? ¿Por qué el discurso moral de Sócrates, tan elevado y sublime, fue incapaz de contener los instintos perversos de sus discípulos?