PARTE PRIMERA: Rafael antes de entrar en la Trapa (1911-1934)
I. La huella de Dios en un laico
II. Apasionado por Dios. En el mundo
III. Sus primeros contactos con la Trapa ( 23 septiembre 1930 - septiembre 1931)
PARTE SEGUNDA: Hermano María Rafael, monje trapense. La aceptación de los planes "incomprensibles" de Dios (1934-1937)
IV. Su primera entrada en la Trapa de San Isidro de Dueñas (16 de enero de 1934)
V. Primera salida (26 de mayo de 1934)
VI. La espera de la vuelta al monasterio le hace crecer espiritualmente
VII. Segunda entrada. De nuevo en San Isidro de Dueñas (11 de enero de 1936)
VIII. Tercera entrada (6 de diciembre de 1936)
IX. Tercera salida. Por obediencia sale por tercera vez del monasterio (7 de febrero de 1937)
X. La huella de Dios en tres cartas
Conclusiones
PARTE TERCERA: Hermano M.ª Rafael de la Cruz y de la madurez (1937-1938)
XI. Cuarta entrada. Ingresa por cuarta y última vez en la Trapa con 26 años (15 de diciembre de 1937)
XII. Su última etapa
Conclusiones
PARTE CUARTA: Algunas miradas de conjunto
Introducción
XIII. La Virgen María en la vida de Rafael
XIV. Mártir de su vocación
XV. ¿Desprecia Rafael a las criaturas?
XVI: ¿Tuvo Rafael experiencia mística?
Conclusiones
Síntesis cronológica de la vida del Hermano Rafael