1561 es el punto álgido de concienciación de las Cortes navarras, y sus decididos intentos de formar heredero Real, Reino, Instituciones y Legislación, como Corona separada del imperio de los Austrias.
El tratado de paz de Vervins, de 1598, entre las monarquías española y francesa, de facto, determinó la partición de Navarra.
Ese mismo año se «legalizó» el secuestro del Estado navarro por la Corona imperial española.
Finalmente, en 1659, un nuevo pacto familiar consolidó las actuaciones anteriores de fuerza e imposición, despreciando las demandas y reclamaciones de la Alta y Baja Navarra. La fijación de los límites fronterizos entre España y Francia dejó a los habitantes naturales sometidos a uno u otro monarca.
En estos años queda de manifiesto la resistencia habida, ahogada siempre con el uso de la fuerza. Las demandas y denuncias por los abusos y avasallamientos cometidos fueron contestadas a conveniencia del ocupante, despreciando los derechos de los naturales.