En el marco de la Comisión Europea, Gonzalo Molina Igartua desarrolló durante 20 años una actividad muy intensa en investigación en el campo de las energías sostenibles. Coordinó grupos asesores de expertos de universidades, centros tecnológicos, industria y ministerios de investigación de los estados miembros para la definición de prioridades de investigación de los Programas Marco de IDT y de Innovación. Desde su reingreso en la UPV-EHU en 2008 es asesor de la Oficina de Proyectos Europeos.