Seele ha decidido que Nerv ya no es imprescindible, y que la mejor opción es desmantelar la organización. y borrarla de la faz de la Tierra. Para ello envían a las tropas de asalto con la orden de disparar a matar, y sobre todo, de asesinar a los pilotos de los Evangelion. Con Asuka en coma, Shinji hundido y Rei con sus propios planes, ¿tendrán alguna posibilidad?