Der zehnjährige Magier Negi Springfield hat gerade seinen Magier-Abschluss gemacht. Zur Weiterbildung muss Negi nun einen Job an einer Mädchen Junior High School annehmen. Dies gestaltet sich jedoch schwieriger als angenommen, denn er reicht seinen Schülerinnen gerade mal bis zur Brust! Bald schon verlieren die Mädchen jeglichen Respekt vor Negi, und er wird zum Opfer ihrer Spötteleien. Eines Tages entdeckt die Schülerin Kagurazaka sein magisches Geheimnis und zwischen den beiden entsteht eine eigenartige Freundschaft. Damit Negi ein richtiger Lehrer werden kann, darf seine Klasse bei den nächsten Klausuren nicht wieder die schlechtesten Noten haben. Um das zu schaffen, macht er sich zusammen mit einer bunt gemischten Gruppe auf die Suche nach einem magischen Buch, das in der riesigen Schulbibliothek versteckt sein soll - und damit begibt er sich auf eine Reise in eine Welt voller magischer Rätsel, Wunder und unbekannter Gefahren.