Un anciano muere a los noventa y nueve años en pleno éxtasis amoroso, sin saber que en ese momento está concibiendo a su tercer hijo, dando comienzo así a una estirpe trágica y maravillosa. El relato es narrado por Magdalena, quien le cuenta a su único nieto vivo el pasado de su familia y recuerda sucesos mágicos como la historia del niño que camina sobre las aguas de un río, la maldición de una joven cuyos deseos malignos siempre se cumplen, el regreso de un muchacho que trabajaba en la construcción del Canal de Panamá para conocer al amor de su vida, el destino imposible de una mujer sin líneas en las manos o los primeros asesinatos de una guerra que desembocan en la angustia rutinaria del país más violento del mundo.
En homenaje a la mejor tradición del realismo mágico, La habitación al fondo de la casa es una intensa novela sobre el verdadero amor que no se debilita a pesar de las adversidades.