Publica la primera, La Confession de Claude, en 1865, momento en el que también escribe sobre Manet y el Salón de los Rechazados, e inmediatamente después sobre el Salón de 1866 en varios artículos que suscitan una gran polémica. Al año siguiente contrapone a Manet con los «pintores oficiales» y expone los principios del naturalismo en su novela Thérèse Raquin. A esta seguirá la serie de Rougon-Marcquart y novelas que causan sensación y escándalo: L?Assommoir (1876), Nana (1880), Germinal (1885) y L??uvre (1886), ocasión de su ruptura con Cézanne. Continúa publicando novelas fundamentales para el naturalismo, La Bête humaine (1890) y la última de la serie de Rougon-Marcquart, Docteur Pascal (1893).
Su intervención en el «affaire Dreyfus» y la publicación de J?Acusse en L?Aurore (1898) le conducen al exilio en Inglaterra, cuando ya se había mostrado escéptico sobre el arte moderno, tal como se pone de relieve en una encuesta de Jules Huret (1891): «Je crois à une sorte de classicisme du naturalisme».