La historia comienza cuando la Reina de la Noche encomienda al príncipe Tamino la tarea de rescatar a su hija, Pamina, del malvado Sarastro. Por el camino, Tamino se cruza con el pajarero Papageno, a quien persuade para ayudarle en su gesta. Una cruzada espiritual que contrasta con la misión más mundana de Papageno: la búsqueda de Papagena, su amor verdadero. Los empeños de ambas parejas se yuxtaponen con el conflicto eterno entre Sarastro y la Reina de la Noche.