El libro se divide en cuatro partes:
-Ruta biográfica: Juan de Yepes, Juan de San Matías y Juan de la Cruz.
-Ruta magisterial y de abordaje: Magisterio de viva voz y Magisterio escrito.
-Ayudas especiales al lector.
-Síntesis sanjuanista: se centra en los protagonistas: Dios y el hombre. Cristo, prototipo del hombre nuevo, y la figura de María de la que habla preciosa y profundamente. Contemplación de la presencia activa del Espíritu Santo.